6,5 mm zostały zastąpione na przełomie 1931/1932 roku przez dwa karabiny maszynowe Lewis kal. 7,7 mm. Podczas remontu, który odbywał się okresie od 1 czerwca 1942 do 31 marca 1943 roku, zdemontowano stanowiska artyleryjskie numer 5 i 7 kalibru 140 mm. W miejscu zdemontowanej armaty numer 7 zamontowano podwójne działo uniwersalne kalibru 127 mm Typu 89. Poprawiono także uzbrojenie przeciwlotnicze krążownika, montując na jego pokładzie dodatkowe stanowiska działek kal. 25 mm. Łącznie okręt miał 14 luf kal. 25 mm w układzie 2 × III, które znajdowały się nad rufowymi wyrzutniami torped, 2 × II ulokowane po bokach komina przedniego i 4 × I. Na „Natorim” zachowano poczwórne stanowisko karabinów kal. 13,2 mm.
Okręt miał także cztery podwójne wyrzutnie torped kalibru 610 mm, do których używano torped Typu 8. „Natori” miał także zainstalowane tory minowe dla 48 min morskich.
thumb|Sylwetka okrętów typu Nagara przed przebudową (poniżej schemat kątów ostrzału artylerii i schemat opancerzenia)