Zaobserwowano, że istnieje znaczna ilość redundancji. Około 23% genomu jest identyczne z genomem ludzkim. Chromosomy posiadają pojedynczą liniową, dwuniciową nić DNA.
Budowa i metabolizm komórek S. boulardii to owalne komórki o grubych ściankach, które mają około 10 µm długości na 5 µm szerokości. Ściana komórkowa S. boulardii stanowi około 30% suchej masy komórki i składa się głównie z polisacharydów (85%) i białek (15%). Szeroko zakrojone analizy biochemiczne wykazują, że glukoza, N-acetyloglukozamina (GlcNAc) i reszty mannozy stanowią odpowiednio 80–90%, 1–2% i 10–20% całego polisacharyduLesage, G. and Bussey, H. (2006). “Cell Wall Assembly in Saccharomyces cerevisiae”. Microbiol Mol Biol Rev. 2006 June; 70(2): 317–343..
Klasyfikowany jest jako beztlenowiec, co oznacza, że może rosnąć w warunkach tlenowych lub beztlenowych. Chociaż preferuje wykorzystanie glukozy, możliwe jest wykorzystanie monosacharydów, polisacharydów, oligosacharydów, etanolu, octanu, glicerolu, pirogronianu i mleczanu. Glukoza w procesie metabolizmu przechodzi przez szlak glikolityczny. S. bouldardii są heterotrofami, co oznacza, że pozyskują energię z glukozy ponadto preferuje fermentację nad oddychaniem w stosunku 98 do 2%. Ścieżka fermentacji znana jest jako ścieżka Embden-Myerofa (EMP), która daje produkty w postaci etanolu.