Ponadto sondy RNA dają lepszy sygnał w hybrydyzacji in situ z mRNA. Znakowanie wewnętrzne do sekwencjonowania DNA – w znakowaniu tym stosuje się DIG-dATP. Metoda ta wykorzystuje fakt, że nukleotydy purynowe są rzadziej włączane przez niektóre polimerazy DNA niż pirymidynowe. I tak, w pierwszym etapie elongacji z użyciem polimerazy DNA T7 i określonych stężeń dNTP wbudowywana jest tylko jedna reszta DIG-dATP, co prowadzi do powstania produktów o identycznej masie cząsteczkowej i jest wstępnym warunkiem powstania drabinki sekwencyjnej. Ilościowość reakcji znakowania – bezpośredni pomiar ilościowy reakcji znakowania i powstałego produktu nie jest możliwy. Ocenę ilościową można przeprowadzić przez porównanie z wyznakowanym DNA standardowym. Dostępne są ilościowe prążki DNA, które umożliwiają szybsze określenie względnej ilości powstałych kwasów nukleinowych znakowanych DIG. Ponadto dokonać można porównania stopnia wyznakowania oligonukleotydów stosując elektroforezę na żelu poliakrylamidowym i barwienie bromkiem etydyny: wyznakowany oligonukleotyd migruje wolniej, niż nieznakowany i jest wyraźnie widoczny. Oczyszczanie i stabilność sond – sondy po wyznakowaniu DIG zasadniczo nie wymagają oczyszczania i mogą być bezpośrednio dodawane do reakcji hybrydyzacji oraz są stabilne nawet przez kilka lat przy odpowiednim przechowywaniu.