Zwykle do syntezy czułych sond hybrydyzacyjnych wymagana jest duża ilość związków znakujących. Natomiast sondy uzyskiwane metodą PCR mogą być syntetyzowane z minimalnej ilości matrycowego DNA i zawierać tylko oczekiwane sekwencje bez sekwencji wektorowych. Zależnie od matrycy wydajność PCR może być obniżona wskutek wysokiego stężenia DIG-dUTP, niemniej jednak jest ona wystarczająca dla różnych typów hybrydyzacji. Produkty PCR mogą być rozdzielane na żelu, przenoszone na filtry i wykrywane przeciwciałami anty-DIG. Znakowanie RNA – sondy RNA znakowane DIG są syntetyzowane z wektorów plazmidowych lub fagowych, zawierających odpowiednie promotory polimerazy RNA bakteriofaga SP6, T3 lub T7. Jest to najbardziej wydajna metoda enzymatycznego znakowania. Reakcja transkrypcji in vitro z użyciem jednej z tych polimeraz RNA i mieszaniny trifosforanów rybonukleozydów oraz DIG-UTP doprowadza do powstania bardzo dużej ilości (10–20 mg z 1 mg plazmidowego DNA) RNA wyznakowanego DIG, podczas gdy znakowanie PCR lub metodą wydłużania startera daje 1–3 mg znakowanego DIG DNA w reakcji standardowej. Sondy RNA znakowane DIG wykazują znacznie większą czułość w metodzie w porównaniu z sondami DNA.