Znakowanie kwasów nukleinowych Przemieszczanie pęknięć – sondy DNA mogą być znakowane DIG metodą przemieszczania pęknięć. Metoda ta jest szczególnie korzystna w przypadku badań in situ, ponieważ wielkość powstałych sond może być określana przez zmianę mieszaniny używanych enzymów. Uzyskiwane tą metodą małe ilości zsyntetyzowanego produktu są wystarczające w doświadczeniach in situ. Wydłużanie starterów () – metoda polega na syntezie nici DNA komplementarnej do matrycy zaczynając od wolnej grupy 3-OH startera i jest polecana do enzymatycznej syntezy plazmidów i fragmentów DNA znakowanych DIG. W przypadku znakowania DNA digoksygeniną, stężenie nukleotydów nie jest czynnikiem ograniczającym, dlatego mikrogramowa ilość znakowanego DNA może powstać z kilku nanogramów matrycowego DNA. Metoda ta ma przewagę nad innymi metodami, ponieważ: jest bardzo skuteczna, działa z różnymi typami DNA niezależnie od wielkości cząsteczki i nie wymaga DNA o wysokim stopniu oczyszczenia, wystarcza mała ilość matrycowego DNA (10 ng), w metodzie tej starterowy DNA działa tylko jako matryca, a reakcja znakowania jest reakcją syntezy de novo. Znakowanie w trakcie reakcji PCR – DIG-dUTP może być także wbudowywany podczas amplifikacji DNA w trakcie reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR).