Dodatkową zaletą nowego systemu markerowego, jak się okazało, jest możliwość używania wielu enzymów restrykcyjnych, wynikająca z polimorfizmu insercyjno-delecyjnego.
W 1985 r. Alec Jeffreys opisał krótką sekwencję złożoną z czterokrotnego powtórzenia motywu 33 par zasad, zlokalizowaną w pierwszym intronie ludzkiego genu mioglobiny. Podobne sekwencje odnaleziono także w innych wysoko zmiennych obszarach genomu. Motyw GGGNNGTGGGG występuje w wielu opisanych rejonach charakteryzujących się zmienną liczbą tandemowych powtórzeń i jest częścią jednostki powtarzającej się każdego locus minisatelitarnego. Ten rdzeniowy rejon jest prawdopodobnie odpowiedzialny za tworzenie się minisatelitów przez inicjację tandemowej duplikacji unikatowych sekwencji DNA i utrzymywanie różnorodności w liczbie jednostek powtórzonych danego locus dzięki nierównemu crossing-over między jednostkami.
Charakterystyka VNTR Sekwencje minisatelitarne są wysoce mutowalne, ze wskaźnikami mutacji germinalnych szacowanymi pomiędzy 10−3 a 10−7 na podział komórki. Ten wskaźnik mutacji, który znacznie przewyższa wskaźnik SNP, czyni VNTR przydatnymi w metodzie genetycznych odcisków palców.