Przewiduje się również, że VNTR charakteryzują się wysoką heterozygotycznością, wahającą się od 43% do 59%, a liczba kopii kilku loci VNTR jest u ludzi zróżnicowana populacyjnie, co sugeruje, że te VNTR nie byłyby przydatne w badaniach populacyjnych. Ponad połowa z dotychczas zidentyfikowanych ludzkich loci VNTR jest zlokalizowana w pobliżu lub w obrębie genów, a niektóre z nich występują w obrębie kodujących eksonów. Dlatego też potencjalny wpływ VNTR-ów na ekspresję genów lub produktów białkowych jest znaczny. Wykazano, że VNTR zawierają miejsca wiążące czynniki transkrypcyjne, takie jak NF-κB i Myc/HLH, są związane ze zmianami w poziomie ekspresji genów, w tym ekspresji specyficznej dla danej tkanki, a także z różnicami w splicingu genów.
Struktura VNTR Minisatelity składają się z powtarzających się, na ogół bogatych w GC, motywów o długości od 10 do ponad 100 par zasad. Te warianty powtórzeń przeplatają się tandemowo. Niektóre minisatelity zawierają centralną sekwencję (lub „jednostkę rdzeniową”) zasad nukleinowych „GGGCAGGANG” (gdzie N może być dowolną zasadą) lub ogólniej, składają się z motywów sekwencji puryn (adenina (A) i guanina (G)) oraz pirymidyn (cytozyna (C) i tymina (T)). Hiperzmienne minisatelity mają jednostki rdzeniowe o długości 9-64 bp i występują głównie w regionach centromerowych.