Działalność wolnomyślicielska W okresie międzywojennym Mierzyński był znanym działaczem polskiego ruchu wolnomyślicielskiego i najwybitniejszą postacią w łódzkim ruchu wolnomyślicielskim. Był członkiem Zarządu Głównego powstałego w 1921 r. Stowarzyszenia Wolnomyślicieli Polskich oraz prezesem łódzkiego koła tej organizacji. We wrześniu 1927 r. znalazł się w grupie działaczy zaniepokojonych wzrostem wpływów komunistycznych w SWP i nadmiernym angażowaniem się SWP w działalność polityczną, którzy w rezultacie wystąpili z tej organizacji.
W 1928 r. władze administracyjne rozwiązały SWP pod zarzutem działalności antypaństwowej. W tym samym roku działacze liberalno-inteligenckiej frakcji SWP (prof. Romuald Minkiewicz, prof. Jan Baudouin de Courtenay, ppłk. Joachim Sołtys, prof. dr. Zygmunt Radlińskim, adw. Kazimierz Sterling) założyli w Warszawie nową organizację o nazwie Polski Związek Myśli Wolnej. Jednocześnie Zdzisław Mierzyński wraz z Józefem Rutkowskim i Stanisławem Konką zarejestrowali w Łodzi koło tej nowo powstałej organizacji. Zdzisław Mierzyński został jego prezesem, a od 1931 r. był także członkiem Zarządu Głównego PZMW.