Mierzyński przyswoił polskiemu czytelnikowi postać pioniera świeckiego szkolnictwa powszechnego, hiszpańskiego wolnomyśliciela Franciszka Ferrery rozstrzelanego w 1909 r. W 1937 r. Mierzyński wydał krytyczną rozprawę o zdradzieckiej postawie katolickiej hierarchii kościelnej w czasach upadku Rzeczypospolitej szlacheckiej pt. Wybrane żywoty książąt kościoła polskiego w okresie rozbiorowym, która była wznawiana również po wojnie.
Najbardziej znaną książką Mierzyńskiego jest rozprawa pt. Jak człowiek stworzył Boga wydana w 1931 r. i wielokrotnie wznawiana po wojnie. Przedstawił w niej rozwój wierzeń religijnych od form najdawniejszych po współczesne i zawarł swój ateistyczny światopogląd. Jej pierwsze wydanie zostało skonfiskowane, a autor stanął przed sądem za bluźnierstwo. Latem 1932 r. został przez Sąd Okręgowy w Łodzi skazany na 6 miesięcy więzienia, co prokurator uznał za wyrok zbyt łagodny i założył apelację. Sprawa podlegała umorzeniu na podstawie amnestii, mimo to Sąd Apelacyjny rozpoznawał ją 13 XII 1932 r. zatwierdzając poprzedni wyrok.