Rozwój społeczności żydowskiej zahamował najazd wojsk kozackich dowodzonych przez hetmana Bohdana Chmielnickiego w 1648 roku. Kozacy prawdopodobnie dokonali pogromu, zniszczyli także synagogę i szkołę. Odrodziła się ona stosunkowo szybko. W 1676 roku Żydzi stanowili niemal 23% populacji miasta. Dzielnica żydowska istniała w rejonie ulic: Żydowskiej (obecnie ul. 1000-lecia), Zatylnej (obecnie ul. Jakuba Nachmana) i Południowej (obecnie ul. Bednarska).
Druga połowa XVIII wieku to okres prosperity miasta, a tym samym mieszkających tu Żydów. W mieście odbywało się też 6 jarmarków w roku, przybywali na nie kupcy ze wszystkich stron guberni lubelskiej. W tym czasie Żydzi byli właścicielami 19 kramnic w Rynku oraz karczem ze stajniami, odbudowanych po wielkim pożarze w 1780 roku. Duże dochody dostarczała propinacja oraz handel.
W 1820 roku Żydzi stanowili około połowy mieszkańców miasta. Było wśród nich 20 krawców. Kolejny pożar w 1822 roku zniszczył około 1/3 zabudowy Bełżyc. Ogień strawił ratusz, większość rynku, wiele domów na ulicach przylegających do rynku oraz uszkodził synagogę. Spłonęły żydowskie kramnice, zajazdy i karczmy odbudowane po pożarze z 1780 roku.