Od 1942 roku, w związku z rozpoczęciem akcji „Reinhardt”, trwała stopniowa likwidacja bełżyckiego getta. W maju od 430 do 580 Żydów wywieziono do obozu koncentracyjnego KL Lublin na Majdanku. Jesienią, w święto Jom Kipur lub Hoszana Raba (21 września lub 2 października), Niemcy wsparci przez ukraińskich kolaborantów wymordowali pacjentów żydowskiego szpitala i wywieźli na Majdanek kolejnych kilkaset kobiet i mężczyzn. 13 października miała natomiast miejsce główna akcja deportacyjna. Grupę zdolnych do pracy mężczyzn Niemcy wywieźli do obozu pracy w Poniatowej, a 4–7 tys. kobiet, dzieci i starców zabrali na stację kolejową w Niedrzwicy Dużej, skąd wywieźli ich do obozu zagłady. W gronie ofiar znaleźli się Żydzi z Bychawy i okolicznych miejscowości, których kilka dni wcześniej przesiedlono do Bełżyc. Jako miejsce zagłady Żydów bełżyckich wskazywany jest zazwyczaj obóz zagłady w Sobiborze, aczkolwiek jest możliwe, że transport z Bełżyc trafił do obozu w Bełżcu.
W Bełżycach zorganizowano obóz pracy, w którym przebywało stale ponad tysiąc Żydów, którzy przeżyli deportację. Jego ostateczna likwidacja nastąpiła 8 maja 1943 roku. Niemcy i ich ukraińscy kolaboranci zamordowali na miejscu około 500–600 Żydów, a około 300–400 wywieźli do obozu pracy w Budzyniu.