Jego struktura, oprócz dwóch centralnych wydziałów, obejmuje siedem międzyregionalnych wydziałów do walki z handlem narkotykami, podległych bezpośrednio Ministerstwu Spraw Wewnętrznych ZSRR. Po wielokrotnych zmianach nazw i zmianach organizacyjnych w systemie i strukturze Dyrektoriatu, rozkazem MSW ZSRR z dnia 28 listopada 1991 r. ta specjalna jednostka policyjna została wyłączona spod jurysdykcji Głównego Zarządu Spraw Wewnętrznych MSW ZSRR. Dawny Zarząd został zastąpiony przez Biuro Kontroli Nielegalnego Handlu Narkotykami Ministerstwa Spraw Wewnętrznych ZSRR.

Po rozpadzie Związku Radzieckiego przywódcy rosyjscy szybko zaczęli traktować priorytetowo potrzebę radzenia sobie z nagłym wzrostem handlu i konsumpcji nielegalnych substancji. W 1991 r. w organie odpowiedzialnym za działania policji w Rosji – Ministerstwie Spraw Wewnętrznych (MVD) – utworzono Departament Kontroli Narkotyków. Jej personel rozrósł się do około 5000 pracowników w ciągu następnej dekady. W celu wsparcia działań antynarkotykowych MVD powołano specjalne wydziały zajmujące się walką z narkotykami także w FSB, Państwowym Komitecie Celnym (FTS) i Federalnej Straży Granicznej (FPS). Pomimo tych wysiłków początkowe sukcesy rosyjskich organów ścigania w spowolnieniu gwałtownej ekspansji rynku narkotykowego w tym kraju były ograniczone.