Ich skuteczność utrudniał brak koordynacji między strukturami zaangażowanymi w działalność antynarkotykową. Brak sukcesów wynikał również z zaabsorbowania MVD działaniami policyjnymi opartymi na statystykach. Spowodowało to koncentrację na przestępstwach popełnianych przez drobnych handlarzy i konsumentów, a nie przez zorganizowane grupy przestępcze na dużą skalę. Wreszcie szerząca się korupcja w rosyjskiej policji spowodowała narastające wątpliwości co do zdolności MVD z poradzeniem sobie z narkotykowym biznesem.
W 1998 r. uchwalono nową ustawę „O środkach odurzających i psychotropowych”. Podkreślono w niej potrzebę powołania federalnego organu wykonawczego, dedykowanego wyłącznie do skoordynowanej walki ze spektrum zagrożeń płynących z gwałtownej ekspansji. konsumpcji narkotyków, handlu narkotykami i związanej z tym działalności przestępczej w Rosji. Utworzenie dekretem na posiedzeniu Prezydium Rady Państwa w dniu 24 września 2002 r. takiego organu nastąpiło w 2003 r. w nawiązaniu do tego przepisu prawnego. W wyniku spotkania Prezydent Federacji Rosyjskiej Władimir Putin podjął decyzję o utworzeniu Departamentu Kontroli Narkotyków w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych.