W 1387 roku ziemie te dostały się do rąk Gian Galeazzo Visconti'ego, władcy Mediolanu. Już jednak w 1403 roku jego syn, książę Mediolanu Giovanni Maria Visconti, w trakcie walk między istniejącymi w księstwie stronnictwami, utracił Malcesine. Dwa lata później, w 1405 roku, tereny nad Gardą przejęła Republika Wenecka, która władała nimi do 1797 roku. Ten długi, w miarę spokojny okres, przerwany został na początku XVI wieku, w okresie walk Wenecjan z państwami Ligi z Cambrai, kiedy to od 1506 roku zamek pozostawał pod władzą cesarza Maksymiliana I Habsburga. Odzyskał go w maju 1513 roku wenecki kondotier Scipione Ugoni atakiem od strony jeziora. Z czasem zamek, nie konserwowany, tracił swoje walory obronne. Z końcem XVIII w. był już w części ruiną. Johann Wolfgang Goethe, który we wrześniu 1786 r. w trakcie podróży po Włoszech zatrzymał się w Malcesine, zanotował w swych notatkach z "Podróży włoskiej": Nie ma tu bram, żadnych umocnień ani straży i zamek dostępny jest każdemu.
Od 1797 roku przez krótki czas zamkiem władali Francuzi Napoleona, a następnie, po kongresie wiedeńskim (1815) - Austria.