Czajkowski po podzieleniu powstańców na oddział strzelecki i kosynierski odczytał powstańcom Manifest Tymczasowego Rządu Narodowego, dekret dotyczący uwłaszczenia włościan, oddziały zaś złożyły uroczystą przysięgę, a na koniec zgromadzenia ksiądz wręczył zebranym sztandar z orłem, pogonią i napisem „Całość, Wolność, Niepodległość”. Czajkowski przewodził oddziałowi, z którym przemaszerował do Łodzi.
Tam powstańcy zrzucili carskie orły z ratusza, ogłosili manifest Komitetu Centralnego Narodowego oraz zarekwirowali broń z niemieckiego Towarzystwa Strzeleckiego i zabrali 18 775 rubli z łódzkiej filii Banku Polskiego. Następnie oddziały wyruszyły w kierunku lasów rososzyckich, gdzie miały dołączyć do partii powstańczej Józefa Oxińskiego. 1 lutego oddziały Czajkowskiego zostały rozbite przez wojska rosyjskie z Sieradza, dowodzone przez majora Esmana. Oddziały uległy rozproszeniu, a tylko części powstańców udało się dołączyć do Oxińskiego. Czajkowskiemu udało się dołączyć do oddziału Roberta Skowrońskiego, w którym pełnił funkcję kapelana do 1863. 4 września 1863 wziął udział w bitwie pod Wolą Cyrusową, gdzie poprowadził kosynierów do ataku. Wziął również udział w bitwie pod Dalikowem 10 września 1863. Po rozbiciu partii Skowrońskiego w przebraniu chłopa chodził po wsiach powiatu łęczyckiego namawiając chłopów do udziału w powstaniu.