W sierpniu dotarł do Paryża, wraz z Bonplandem przywożąc z wyprawy 60 000 okazów roślin, należących do 6 tysięcy gatunków, z czego 2 tysiące były do tej pory w Europie nieznane.
W Berlinie i Paryżu W listopadzie 1805 roku przyjechał do Berlina, gdzie Fryderyk Wilhelm III mianował go swoim szambelanem. W owym czasie ukończył pierwszy tom dzieła (pol. Podróż przez regiony podzwrotnikowe Nowego Kontynentu). Tom nosił tytuł (pol. Esej o geografii roślin); Humboldt zadedykował go swojemu przyjacielowi, Goethemu. Następnie, przebywając wciąż w Prusach, napisał i wydał swoje następne dzieło, (pol. Obraz Natury), cieszące się później wielką popularnością i wydane w jedenastu językach.
Jesienią 1807 przeniósł się ponownie do Paryża. Kilka następnych lat to okres żmudnych prac nad pisaniem kolejnych dzieł opartych na odkryciach w Ameryce. W 1810 ukazało się (Widoki Kordylierów i zabytków ludów tubylczych Ameryki). Równocześnie, w latach 1808–1811, ukazał się czterotomowy , stanowiący kompendium wiedzy o koloniach hiszpańskich w Ameryce Południowej i jednocześnie ostrą krytykę hiszpańskiego kolonializmu. Później opracował utrzymane w podobnej konwencji kompendium wiedzy o wyspie Kuba. W Paryżu poznał m.in. Karla Gustava Junga. Zawiązał także przyjaźń z Simonem Bolivarem.