Przewlekłe i nawracające stany zapalne narządów miednicy mniejszej, jak również uszkodzenia błony śluzowej jajowodów wywołane chlamydiami mogą powodować liczne zrosty, ropnie lub też inne nieprawidłowości, zwiększając ryzyko niepłodności oraz ciąży pozamacicznej. Zakażenia endometrium mogą być natomiast przyczyną trudności w prawidłowej implantacji zapłodnionej komórki jajowej, zwiększając ryzyko poronień samoistnych. Zmniejsza się także szansa powodzenia zapłodnień pozaustrojowych. Zakażenie to dla kobiet w ciąży jest szczególnie niebezpieczne. Częściej bowiem zdarzają się takie powikłania ciąży jak przedwczesne pęknięcia pęcherza płodowego, poród przedwczesny, czy też hypotrofia płodu. Chlamydioza u ciężarnej jest groźna również ze względu na możliwość przeniesienia zakażenia na noworodka. Ryzyko takie sięga nawet 80%, przede wszystkim w przypadku zakażeń kanału szyjki macicy i porodzie drogą pochwową, choć znane są nieliczne przypadki zakażeń chlamydią u noworodków urodzonych drogą cięcia cesarskiego przy zachowanych wodach płodowych. U noworodków zakażenie najczęściej objawia się zapaleniem gałki ocznej, spojówek lub płuc. Dzieci matek zakażonych częściej rodzą się z niską masą urodzeniową. W okresie poporodowym u zakażonych kobiet częściej występują powikłania tj.