Materiał był promowany teledyskiem do utworu „After Dark I Feel”, który wyreżyserował Arnaoutoglou Vassilis. thumb|200px|Vagelis Karzis podczas koncertu na festiwalu Party.San Open Air w 2016 roku. 29 sierpnia 2000 roku ukazał się szósty album długogrający zespołu zatytułowany Khronos. 29 października 2002 roku do sprzedaży trafiły siódmy album Rotting Christ pt. Genesis. Nagrania były promowane podczas europejskich koncertów m.in. u boku zespołów Tristania, Madder Mortem oraz Vintersorg. W styczniu 2003 roku grupa koncertowała w Europie wraz z Primordial i Enthroned. Następnie w kwietniu 2003 roku nakładem Metal Mind Productions ukazał się pierwszy materiał wideo formacji zatytułowany In Domine Sathana. Z kolei w czerwcu zespół wystąpił w ramach Rock The Nations Open Air Festival w Turcji. Na początku 2004 roku grupa koncertowała w Wielkiej Brytanii wraz z Decapitated, Anata i Thus Defiled. Wkrótce potem z zespołu odszedł Kostas Vassilakopoulos. 20 września, także 2004 roku, został wydany ósmy album grupy pt. Sanctus Diavolos. Gościnnie w nagraniu albumu uczestniczył Gus G. z zespołu Dream Evil. W 2005 roku grupa koncertowała m.in. w Bośni i Hercegowinie, Rumunii i Chorwacji. Następnie wzięła udział w europejskim tournée Blitzkrieg 3 wraz z zespołami Vader, Anorexia Nervosa i Lost Soul.