W 2006 roku koncertowała w Brazylii oraz w Europie, w tym m.in. podczas festiwali Dong Open Air i Thunders Over Miriquidi Festival w Niemczech.
22 stycznia 2007 roku nakładem wytwórni muzycznej Season of Mist ukazał się dziewiąty album długogrający Rotting Chrst zatytułowany Theogonia. W lutym zespół udał się w europejskie tournée Domination Tour u boku Carpathian Forest, Incantation oraz Malevolent Creation. Następnie formacja koncertowała, także w Europie podczas Northern Assasination Tour wraz z Crionics, Incantation i Krisiun oraz The Flaming Arts Festival w Europie Wschodniej. Z kolei we wrześniu i październiku grupa dała szereg koncertów w Polsce w ramach trasy koncertowej Blitzkrieg 4, poprzedzając występy zespołu Vader. W 2008 roku muzycy udali się do USA, gdzie występowali m.in. wraz z Immolation oraz Averse Sefira. Natomiast w sierpniu zespół wystąpił w ramach jubileuszu dwudziestopięciolecia działalności zespołu Vader. Na początku 2009 roku grupa ponownie koncertowała w USA wraz z Epicurean, Manic Ritual oraz Mysteriarch. Następnie 23 lutego tego samego roku do sprzedaży trafił drugi album wideo zespołu pt. Non Serviam – A 20 Year Apocryphal Story. Z kolei latem muzycy koncertowali m.in.