Jego główne cele statutowe i działania stanowiły kontynuację prac ŻIH – wiązały się z prowadzeniem całokształtu badań nad historią Żydów, działalnością naukowo-badawczą i popularyzacją wyników prowadzonych badań.
Lata 50. to okres emigracji wielu historyków, uczonych i innych pracowników Instytutu. Kolejna fala emigracji nastąpiła po wydarzeniach z marca 1968 roku. Wówczas władze komunistyczne próbowały doprowadzić do likwidacji Instytutu. W ramach sprzeciwu Artur Eisenbach złożył rezygnację ze stanowiska dyrektora oraz z innych zajmowanych w ŻIH funkcji. Polska Akademia Nauk proponowała przekształcenie ŻIH w instytucję wyłącznie badawczą. Zbiory archiwalne Instytutu miały być przekazane Głównej Komisji Badania Zbrodni Hitlerowskich, a kolekcje archiwalne, biblioteczne i muzealne – odpowiednim instytucjom. Postulowano też „spolszczenie” Instytutu przez zatrudnienie także Polaków i zmianę programu badań. Proces ten rozpoczął się 18 czerwca 1968 roku – w tym dniu Naczelna Dyrekcja Archiwów Państwowych rozpoczęła przejmowanie akt – depozytów tworzących około połowy zasobów archiwalnych ŻIH.