Jeżeli konto gry powiązano z oficjalnym fanklubem Harry’ego Pottera, Tiara Przydziału uwzględnia przypisany mu dom, w innym przypadku gracz odpowiada na dwa pytania, na podstawie których Tiara wskazuje najbardziej pasujący do stworzonej postaci dom, a wybór ten można zaakceptować bądź dokonać innego. Każdy z czterech domów ma własny pokój wspólny, do którego wejść mogą wyłącznie przydzieleni do niego uczniowie. Od domu uzależnione są szczegóły niektórych zadań pobocznych i interakcje z bohaterami niezależnymi. Podobnie jak w książkach uczniowie zdobywają i tracą punkty dla swojego domu, jednak działania gracza nie przekładają się bezpośrednio na ich liczbę.
Uczęszczanie na – w większości obowiązkowe – zajęcia szkolne rozwija fabułę, pozwala nauczyć się nowych zdolności i odblokowuje nowe mechaniki rozgrywki. Wraz z postępami w fabule postać uczy się zaklęć, które może łączyć w kombinacje i wypracować swój własny styl walki. Zaklęcia kontroli i mocy umożliwiają manipulowanie przedmiotami i przeciwnikami, np. podnoszenie ich (Levioso), transmutowanie, zamrażanie (Glacius) czy przyciąganie do siebie (Accio). Zaklęcia obrażeń można wykorzystać zarówno do usuwania z drogi przeszkód i rozwiązywania łamigłówek, jak i zadawania przeciwnikom obrażeń od ognia (Incendio, Confringo) czy ran ciętych (Diffindo).