Po wytworzeniu różdżki przez Gerbolda Ollivandera uczeń wpada w zasadzkę Rookwooda, proponującego sojusz przeciwko goblinom, odmawia jednak i pokonuje czarnoksiężnika. Ranrok odnajduje repozytorium Izydory i wchłania starożytną magię, zamieniając się dzięki temu w smoka. Uczeń i Fig walczą z nim, ostatecznie pokonując go i kładąc kres rebelii goblinów, jednak Fig ginie w walce. Uczeń musi zdecydować, czy zapieczętować repozytorium, czy wchłonąć jego moc. Następnie kończy rok szkolny, przystępując do SUM-ów i zdobywając Puchar Domów dla swojego domu.
Rozgrywka mały|Walka przy użyciu czarów ofensywnych mały|Modyfikowanie Pokoju Życzeń Dziedzictwo Hogwartu jest fabularną grą akcji przedstawioną z perspektywy trzeciej osoby. Gracz tworząc swoją postać może wybrać jej wygląd, głos i typ ciała oraz określić, czy będzie spała w dormitorium chłopców czy dziewcząt. Po ukończeniu prologu gracz bierze udział w Ceremonii Przydziału, podczas której zostaje przydzielony do jednego z czterech hogwarckich domów – Gryffindoru, Slytherinu, Ravenclawu bądź Hufflepuffu.