Znane jest też zjawisko prezentacji krzyżowej dokonywanej przez komórki dendrytyczne, w wyniku której zewnątrzpochodne antygeny (typowe dla MHC klasy II) są prezentowane na cząsteczkach MHC klasy I w celu aktywacji limfocytów T cytotoksycznych.
Pewne czynniki mogą wpływać na zwiększenie ekspresji genów MHC i tym samym zwiększenie liczby tych cząsteczek na powierzchni komórek, a w konsekwencji mogą spowodować wydajniejszą odpowiedź immunologiczną ze strony limfocytów T podczas infekcji. Przykładowo pod wpływem interferonu α, β i λ uwalnianego przy zakażeniu zwiększa się ekspresja MHC klasy I. Z drugiej strony pewne wirusy i komórki nowotworowe dążą do zmniejszenia tej ekspresji. Stosują one różne strategie uniemożliwiania prezentacji swoich antygenów przez cząsteczki MHC klasy I, np. zatrzymują je na retikulum endoplazmatycznym lub doprowadzają do ich ubikwitynizacji i zniszczenia w proteasomie. Ta metoda unikania odpowiedzi immunologicznej jest częściowo równoważona działaniem komórek NK (natural killers), które rozpoznają i zabijają komórki z niewystarczającą ekspresją MHC klasy I na ich powierzchni.