Cytotoksyczność komórek NK regulowana jest przez sygnały aktywujące i przeciwstawne im sygnały hamujące przekazywane przez odpowiednie receptory na komórkach docelowych. W zależności od tego, czy dominują sygnały aktywujące czy hamujące, komórka docelowa jest eliminowana lub oszczędzana. Wykrywanie cząsteczek MHC klasy I na powierzchni komórek poprzez receptory KIR komórek NK jest sygnałem hamującym ich naturalną cytotoksyczność.
Rola w odrzucaniu przeszczepu Reakcja układu immunologicznego na obce cząsteczki MHC (tzn. należące do innego osobnika) jest znacznie silniejsza w porównaniu do innych antygenów. W praktyce transplantologicznej najczęściej dochodzi do przeszczepów allogenicznych, tzn. między różnymi genetycznie osobnikami tego samego gatunku. Geny kodujące MHC klasy I i II wykazują największy polimorfizm spośród dotychczas poznanych genów. W praktyce oznacza to, że każdy osobnik poza bliźniakiem jednojajowym traktowany jest przez układ immunologiczny jako obcy, ponieważ w innym przypadku jest wysoce nieprawdopodobne, by miał taki sam zestaw alleli. I to właśnie te różnice w zakresie cząsteczek MHC odgrywają największą rolę w odrzucaniu przeszczepu, dlatego też nazywane są antygenami zgodności tkankowej. Dla powodzenia kluczowy jest więc odpowiedni dobór dawcy i biorcy (tzw.