Dla tego systemu istnieje oprócz przeglądarki PocketIE wersja Internet Explorera prawie w 100% zgodna z „dużym” IE 5.5. Od wersji.net 4.2 system korzysta z nowej powłoki (shella), która choć wygląda jak poprzednie wersje, to jest ściśle połączona z przeglądarką internetową
Od tej wersji pojawił się znany głównie z nawigacji PNA podział CE na wersję „Core” i „Professional”. Core to tylko podstawowy system, z reguły posiadający tylko shella (Explorer) i nakładkę producenta. Professional zawiera za to dodatkowe programyDownload details: Run-time Licensing Model for Windows CE.. Oczywiście podział wynikł z powodu kosztów licencyjnych – Pro jest kilkukrotnie droższy od CoreCore $3 US (ERP) Proffesional $ 16 US (ERP) #https://web.archive.org/web/20080917015925/http://msdn.microsoft.com/en-us/embedded/aa714418.aspx..
Nowe możliwości: Dodano sterowniki w tym pamięci Flash, urządzeń HID i ujednoliconych klawiaturWhat’s New (Windows CE .NET 4.2).
Wersja Windows CE.NET 4.2 jest również dostępna (nieoficjalnie – od graczy dla graczy) w sieci dla pierwszej konsoli wideo Microsoftu – Xbox