W celu dokładniejszych obliczeń stosowane jest dokowanie uwodnione, usunięcie inhibitora związanego z białkiem oraz innych heteroatomów należących często do endogennych substancji – zapewnia to „oczyszczenie” miejsca wiążącego i zapewnienie odpowiedniej przestrzeni do związania się badanego ligandu. Możliwe jest również pozostawienie endogennych cząsteczek w celu zbadania interakcji pomiędzy nimi a badanym ligandem, ustawienie „ruchomych” aminokwasów w białku (procedura wykonywana tylko przy elastycznym dokowaniu) – pozwala to na wyznaczenie konkretnych aminokwasów, które mają rotować przy dokowaniu. Czynność ta zapewnia dokładniejsze wyniki powinowactwa oraz lepszą predykcję ułożenia się ligandu względem aminokwasów w miejscu wiążącym. Należy jednak pamiętać, że im więcej aminokwasów jest „elastycznych” tym więcej czasu zajmuje wykonanie analizy.