Istnieje jeszcze nowsze podejście do zagadnienia przygotowania białka do dokowania. Polega ono na uprzednim przeprowadzeniu symulacji dynamiki molekularnej białka rozpuszczonego w wodzie, a następnie dokonania albo uśrednienia struktury białka podczas całego procesu, albo stworzenia wielu struktur białkowych wyodrębnionych w poszczególnych etapach symulacji dynamiki molekularnej (ang. snapshot) i wyznaczenie z nich struktury uśrednionej poprzez superimpozycjonowanie tych struktur (ensamble structure). Po tych procesach dokonuje się przygotowania białka do dokowania.
Najnowsze odkrycia w dziedzinie uczenia maszynowego zapewniają również możliwość wykonania dokowania bez znajomości początkowej struktury białkowej. Mowa tutaj o programie AlphaFold, który na podstawie samej sekwencji aminokwasowej jest w stanie odtworzyć strukturę trzecio- i czwartorzędową białka ze średnią dokładnością ponad 90% (dokładność zależy w głównej mierze od typu białka i rodziny, z której pochodzi oraz dostępności struktur krystalicznych białek podobnych do niego).