Ekumenizm i dialog międzyreligijny Konserwatywni biskupi krytykują papieża za zbyt daleko posunięty ekumenizm, prowadzący według nich poprzez zrównanie katolicyzmu z innymi wyznaniami do religijnego synkretyzmu. Szczególnie krytykowane były spotkania międzyreligijne w Asyżu, jak również „zbyt łagodne” traktowanie heterodoksyjnych teologów. Z tego powodu przeciwnicy dialogu ekumenicznego uznali Jana Pawła II za modernistę. Krytyka papieża w tej kwestii nie została wyrażona publicznie.
Krytykę wywołało stanowisko Jana Pawła II dotyczące budzących w zachodnim świecie coraz większe zainteresowanie religii wschodu. W swojej książce Przekroczyć próg nadziei, z roku 1994, stwierdził on, że:Mistyka karmelitańska zaczyna się w tym miejscu, w którym kończą się rozważania Buddy i jego wskazówki dla życia duchowego (s. 78 wyd. pol.) Zdaniem Jana Pawła II buddyzm:jest w znacznej mierze systemem ateistycznymi jako taki stanowi zagrożenie dla religijnego trzonu kultury europejskiej. Podczas wizyty papieża w Sri Lance w roku 1995 zorganizowano spotkanie ekumeniczne, które zbojkotowali przedstawiciele buddyzmu.