Mnisi stwierdzili, że Jan Paweł II nie docenia wartości duchowych głoszonych przez założyciela ich religii.

Liberalni krytycy Jana Pawła II zarzucali mu natomiast niekonsekwencję w ekumenizmie, wyrażającą się między innymi wydaniem deklaracji Dominus Iesus, która zatrzymała ich zdaniem proces ekumeniczny. Przedstawiciele Patriarchatu Moskiewskiego oskarżali Kościół katolicki o prozelityzm. Wśród żydów spotkał się z krytyką z powodu beatyfikacji papieża Piusa IX, za którego pontyfikatu miała miejsce sprawa Edgarda Mortary. Uznali oni to też za niekonsekwencję wobec wcześniej uczynionych przeprosin za dawny antysemityzm.

Krytykowane wydarzenia 8 sierpnia 1985 – w Togo Jan Paweł II wziął udział w uroczystościach, podczas których odbywały się animistyczne obrzędy – w świętym lesie, a później także w Karze oraz Togoville. 27 października 1986 – papież zorganizował w Asyżu wielkie spotkanie modlitewne na rzecz pokoju, na które zaprosił 150 przedstawicieli dwunastu największych religii świata. Jednoczesne modły zanoszono nie tylko z wyznawcami różnych odłamów chrześcijaństwa i religii abrahamicznych (judaizm, islam), ale także z duchownymi religii dharmicznych, rdzennych wyznań afrykańskich i amerykańskich oraz shintō.