Znamiennym faktem jest umieszczenie posążka Buddy na ołtarzu, przed którym modlili się zebrani. 14 maja 1999 – Jan Paweł II przyjął w Watykanie delegację islamskich duchownych z Iraku, którzy w prezencie podarowali mu egzemplarz Koranu. Według relacji patriarchy Raphaela I BiDawida (z Katolickiego Kościoła Chaldejskiego w Babilonie), który był obecny na spotkaniu, papież ukłonił się przed świętą księgą muzułmanów oraz pocałował ją. 24 stycznia 2002 – po zamachu z 11 września 2001 z inicjatywy papieża zwołano kolejne ekumeniczne spotkanie modlitewne w Asyżu. Poza wszystkimi wyznaniami reprezentowanymi na podobnym wydarzeniu z 1986 (opisanym wyżej) należy wymienić przedstawicieli tenri-kyō, zoroastrianizmu, dźinizmu oraz konfucjanizmu.
Seksualność i antykoncepcja Krytycy Jana Pawła II zarzucali mu skupianie nadmiernej uwagi na etyce seksualnej. Szczególne kontrowersje wzbudziły papieskie nauki o tradycji rozdziału płci kulturowych, roli kobiety, o antykoncepcji, homoseksualności oraz celibacie księży. Szczególnie krytykowane było stosowanie przejętego przez Jana Pawła II od Pawła VI sformułowania „cywilizacja śmierci”, używanego na oznaczenie wszystkich tych przejawów kultury, zwłaszcza kultury Zachodu, które kolidowały z papieskim nauczaniem w dziedzinie etyki seksualnej i „zapoznawały znaczenie cierpienia”.