Do Borja skierowano dwóch jezuitów, ojców Gaspara Cugía oraz Lucasa de la Cueva, którzy 6 stycznia 1638 roku dotarli na miejsce. Oczekiwania, jakie wysuwano wobec jezuitów, nie różniły się od tych, z którymi spotkali się na początku swojej działalności w Quito, dodatkowo mieli za zadanie udziału w wyprawach karnych. Niedługo po rozpoczęciu działalności, w 1640 roku, ojciec Lucas de la Cueva założył nad rzeką Apena wioskę misyjną La Limpia Concepción de Jeveros, uznawaną za pierwszą redukcję jezuicką na terenie Maynas. Rok później jego towarzyszowi udało się przekonać przełożonych w Quito o sensowności kontynuowania misji oraz o tym, że Indianie Maynas mogą zostać nawróceni na chrześcijaństwo, jeśli podejdzie się do nich drogą ewangelizacji. Do Maynas skierowano dwóch dodatkowych ojców – Bartolomé Pérez i Francisco de Figueroa. Od samego przybycia ich pomoc okazała się nieoceniona, w 1642 roku tereny Maynas nawiedziła bowiem epidemia ospy, jezuici zaczęli więc pomagać zarówno Indianom, jak i Hiszpanom. Mimo bariery językowej, podejmowali się też spowiadania lokalnej ludności. Rozwój redukcji W krótkim czasie działalność misyjna jezuitów zaczęła się rozszerzać. Założono nową redukcję – Santa Teresa – a do Borja przybyło trzech kolejnych jezuitów.