W 1614 roku Gustaw Adolf otrzymał propozycję małżeństwa z córką landgrafa Hesji-Kassel. Ebba uznała czekanie na zgodę królowej na jej małżeństwo z Gustawem za bezcelowe. Napisała do niego list kończący ich związek. Zakończyła go zdaniem: „Jednak codziennie mam w pamięci Waszą Królewską Mość”. Wkrótce potem Ebba usunęła się z dworuZbigniew Anusik, Gustaw II Adolf, 2009. s. 48–49..
Małżeństwo Rok później otrzymała propozycję małżeńską od marszałka Jakoba De la Gardie, a 11 listopada 1617 r. już świętowano ich zaręczyny w domu Katarzyny Stenbock w Sztokholmie. Pobrali się tam 24 czerwca 1618 r.
Związek między Ebbą Brahe i Jakobem De la Gardie jest opisywany jako szczęśliwy, a ona sama jako „szczęśliwa żona i dobra matka”. Mąż był gubernatorem Estonii i Inflant w latach 1619–1628. Ebba urodziła czternaścioro dzieci, z których siedmioro zmarło w młodym wieku. Najwięcej osiągnął ich syn Magnus Gabriel. Podczas swojego małżeństwa Ebba Brahe angażowała się w różne dziedziny. Głównie skupiała się na dbaniu o interesy finansowe swojego męża. Ponieważ Jakob De la Gardie był zajęty karierą i często był nieobecny w domu, Ebbie powierzono odpowiedzialność za majątek rodziny. Rozwinęła swoje umiejętności zarządcze, podróżując między posiadłościami rodziny w Szwecji i innych krajach bałtyckich.