był pierwszym stałym budynkiem dworcowym w powojennej Warszawie. Dworzec został oddany do użytku 12 września 1959.
Po 1945 zlikwidowano stację towarową (w jej miejscu w latach 1974–1978 powstało osiedle mieszkaniowe Stawki).
W 1968, po wydarzeniach marcowych, do opuszczenia Polski zostało zmuszonych wielu polskich obywateli pochodzenia żydowskiego. Odjeżdżali oni głównie z Dworca Gdańskiego. W marcu 1998 na wschodniej ścianie budynku dworca odsłonięto tablicę upamiętniającą te wydarzenia ze słowami Henryka Grynberga: Tu więcej zostawili po sobie niż mieli, pod którą odbywają się uroczystości rocznicowe.
W 1975 wybudowano Warszawę Centralną, a Dworzec Gdański w coraz większym stopniu zyskiwał charakter podmiejski, obsługując zelektryfikowaną w 1972 linię do Nasielska i Tłuszcza przez Legionowo. W tym okresie na stacji zatrzymywały się średnio 52 pociągi osobowe na dobę. Obecnie ruch osobowy jest nieco mniejszy, a stacja towarowa całkowicie zaniechała działalności – większość bocznic i torów odstawczych zlikwidowano, a tereny po nich są stopniowo zabudowywane (powstało tam m.in. centrum handlowe Arkadia).