Wincentego Urbana, większość zbiorów udało się ocalić.
Od roku 1958 rozpoczęto pracę nad porządkowaniem i katalogowaniem zbioru, którą podejmowali alumni-bibliotekarze pod kierownictwem kleryka Jerzego Marszałkowicza, w późniejszych latach te funkcje pełnili także Jan Choroszy, Marian Matuła i Stanisław Pawlaczek. W 1961 roku istniały już katalogi kartkowe – alfabetyczny i systematyczny – utworzono dużą czytelnię ze zbiorem podręcznym, oraz wydzielono z magazynu głównego czasopisma, stare druki, ascetykę, kazania, podręczniki, nuty i beletrystykę.
22 lutego 1968 roku Watykańska Kongregacja ds. Seminariów i Uniwersytetów przekazała Akademickiemu Studium Teologicznemu we Wrocławiu przywileje przedwojennego Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Wrocławskiego nadając mu miano „papieskiego”. Niemniej władze państwowe uznały istnienie uczelni dopiero w 1989 roku, wtedy też przemianowano Bibliotekę Arcybiskupiego Seminarium Duchownego na Bibliotekę Główną Papieskiego Wydziału Teologicznego i Metropolitalnego Wyższego Seminarium Duchownego.