W wyborczym roku 1960 prezydent Eisenhower nie mógł ubiegać się o trzecią kadencję, więc kandydatem prezydenckim rządzącej partii został wiceprezydent Richard Nixon, który swoim partnerem na liście mianował Lodge’a. Jednakże tandem Nixon-Lodge przegrał wówczas z demokratami Kennedym i Lyndonem B. Johnsonem.
W roku 1963 prezydent Kennedy mianował dawnego rywala ambasadorem w Wietnamie Południowym. Zajmował tę pozycję do roku 1964.
W tym też roku nieoczekiwanie wygrał prawybory republikańskie w stanie New Hampshire, pokonując późniejszego tegorocznego nominata i skrajnego konserwatystę Barry’ego Goldwatera. Liberalne skrzydło republikanów, do którego należeli m.in. Lodge oraz gubernatorzy Nelson Rockefeller z Nowego Jorku czy William Scranton z Pensylwanii, bezskutecznie starało się odebrać Goldwaterowi nominację. Goldwater przegrał we właściwych wyborach z urzędującym prezydentem Johnsonem.