Historia instytucji Komisja została utworzona w 1973 r. pod nazwą Komisja Standaryzacji Nazw Geograficznych Świata z inicjatywy Instytutu Geografii Polskiej Akademii Nauk przy Ministerstwie Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki. W 1984 r. zmieniono jej nazwę na Komisję Standaryzacji Nazw Geograficznych poza Granicami Polski. W okresie od czerwca 1985 r. do maja 1987 r. działalność Komisji była zawieszona. Komisja działała do listopada 1997 roku.
W marcu 2000 r. została ona powołana na nowo, tym razem przy Głównym Geodecie Kraju w resorcie Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji, a działanie rozpoczęła we wrześniu 2000 r. po tym, jak Główny Geodeta Kraju powołał jej skład.
Po reformie administracji, w czerwcu 2000 r. Komisja, wraz z Głównym Geodetą Kraju, znalazły się w resorcie Ministerstwa Rozwoju Regionalnego i Budownictwa, a w marcu 2001 r. kolejny raz uległa zmianie nazwa komisji, na obecną formę.