W październiku 2001 r. nastąpiło przeniesienie Głównego Geodety Kraju, a zatem i Komisji do resortu Ministerstwa Infrastruktury, które od października 2005 r. istniało pod nazwą Ministerstwa Transportu i Budownictwa. 5 maja 2006 Ministerstwo Transportu i Budownictwa zostało zlikwidowane i Komisja znalazła się przy nowo powołanym Ministerstwie Budownictwa. Od 24 lutego 2007 nadzór nad Głównym Geodetą Kraju sprawował minister spraw wewnętrznych i administracji, a od 18 listopada 2011 – minister administracji i cyfryzacji.
Podstawa prawna działalności Ustawa z dnia 17 maja 1989 r. Prawo geodezyjne i kartograficzne Rozporządzenie Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 24 marca 2000 r. w sprawie trybu i zakresu działania Państwowej Rady Geodezyjnej i Kartograficznej i Komisji Standaryzacji Nazw Geograficznych poza Granicami Polski oraz zasad wynagradzania ich członków () Rozporządzenie Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 24 czerwca 2009 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie trybu i zakresu działania Państwowej Rady Geodezyjnej i Kartograficznej i Komisji Standaryzacji Nazw Geograficznych poza Granicami Polski oraz zasad wynagradzania ich członków ()