Inne obszary, takie jak jądro szypułowo-mostowe, są uznawane za regulatory jąder podstawnych.
Na początku XX wieku system jąder podstawy był kojarzony z funkcjami motorycznymi, ponieważ uszkodzenia tego obszaru często skutkowały zaburzeniami ruchowymi (pląsawica, atetoza, parkinsonizm).
Podział anatomiczny thumb|400px|Przekrój wieńcowy mózgu ludzkiego ukazujący jądra podstawne.Dogłowowo: prążkowie, gałka blada (wewnętrzna – GPi, zewnętrzna – GPe)Doogonowo: jądro niskowzgórzowe (STN), istota czarna (SN)
Jądra podstawne u naczelnych składają się z pięciu jąder, które dzielą się na podstruktury:
Dogłowowo: ciało prążkowane, na które składają się: jądro ogoniaste: jądro półleżące jądro soczewkowate: część zewnętrzna gałki bladej (gałka blada zewnętrzna) część wewnętrzna gałki bladej (gałka blada wewnętrzna) skorupa
Doogonowo: jądro czerwienne jądro niskowzgórzowe istota czarna, w której skład wchodzą część zbita istoty czarnej część siatkowata istoty czarnej część boczna istoty czarnej
W mózgu ssaków istnieją dwa systemy jąder podstawy, rozmieszczone symetrycznie w obydwu półkulach. W przekroju wieńcowym jądro niskowzgórzowe i istota czarna są położone bardziej z tyłu (doogonowo) niż pozostałe jądra.