Funkcjonalnie jądra podstawne składają się z szeregu obwodów, takich jak ruchowy, limbiczny i okoruchowy. Każdy obwód obejmuje specyficzne części jąder podstawnych i ich projekcje. Na przykład części jąder podstawnych związane z obwodem ruchowym wysyłają projekcje do brzuszno-bocznych, brzuszno-boczno-przednich i środkowo-przyśrodkowych jąder wzgórza.
Połączenia jąder podstawnych Spośród połączeń jąder podstawy z innymi strukturami mózgowia najważniejszą rolę odgrywają obwody podstawno-korowe (ang. basalocortical circuits). Dzielą się one na bezpośrednie i pośrednie.
Obwody bezpośrednie Obwody bezpośrednie mają następujący przebieg: kora mózgowa (glutaminian) – prążkowie (GABA/dynorfina/substancja P) – gałka blada wewnętrzna/istota czarna siatkowata (GABA) – jądra brzuszno-boczne i brzuszno-przyśrodkowe wzgórza (glutaminian) – kora mózgowa.
Neurony glutaminergiczne są pobudzające, pozostałe wymienione – hamujące. Zwiększenie aktywności prążkowia powoduje zablokowanie hamującego wpływu tonicznie wyładowujących się neuronów gałki bladej wewnętrznej lub istoty czarnej na wzgórze, co prowadzi do zwiększenia się pobudzenia kory mózgowej.