Jest to jedyny kościół na Malcie należący do tego zakonu.
Architektura Wygląd zewnętrzny thumb|220px|left|Fasada kościoła z portykiem Kościół Santa Margerita ma dużą prostą fasadę, a wspaniały barokowy portyk przed nią sprawia, że staje się ona imponującą. Do drzwi kościoła prowadzi kilkanaście stopni w górę. Portyk, dobudowany już po wybudowaniu kościoła, jest bardzo podobny do tego z kościoła św. Katarzyny z Włoch w Valletcie. Na tympanonie frontonu litery XP (monogram oznaczający Jezusa Chrystusa) oraz korona z dwiema gałązkami palmowymi. Po lewej stronie w głębi znajduje się dzwonnica, która została zbudowana w 1856.
Wnętrze Nowy kościół miał mieć troje drzwi – główne i dwoje bocznych. Kiedy przeszedł w ręce zakonnic, dokonano pewnych zmian, aby odpowiadał ich potrzebom. Wnętrze jest słusznych rozmiarów, proste, nakryte sklepieniem kolebkowym z poprzecznymi łukami, podłogę pokrywają marmurowe płytki.