Wewnątrz kościoła są trzy ołtarze. Nad marmurowym ołtarzem głównym, w apsydzie zwieńczonej półkopułą, znajduje się obraz tytularny z 1758 pędzla Francesco Zahry Virgin and Child with St. Margaret and Other Saints (Dziewica i Dzieciątko ze św. Małgorzatą i innymi świętymi). Na obrazie przedstawiona jest Matka Boża z góry Karmel, ze św. Teresą Wielką i św. Janem od Krzyża po lewej, oraz św. Małgorzatą po prawej stronie. Po prawej stronie obrazu tytularnego znajduje się obraz Święty Franciszek de Paola, a po lewej obraz Święty Józef. Są one również dziełami Francesco Zahry. W dolnej części każdego z wymienionych dzieł namalowany jest herb biskupa Paula Alphérana de Bussan, który opłacił i bezpośrednio kierował upiększaniem kościoła. Pod obrazami flankującymi znajdują się niewielkie okrągłe prace przedstawiające, odpowiednio, św. Elżbietę od Trójcy Świętej oraz św. Marii od Jezusa Ukrzyżowanego, które są dziełem ks. Martina Borga OCD. Dwa ołtarze boczne poświęcone są, odpowiednio, po lewej św.