Na trasie biegowej byli jednak najlepsi, wyprzedzając Niemców o ponad 15 sekund i Finów o ponad 26 sekund. W indywidualnych startach Stecher zaprezentował się przeciętnie, zajmując 19. miejsce w Gundersenie, a w sprincie był czternasty.
Dziewiątą edycję Letniego Grand Prix ukończył na drugiej pozycji, za Bielerem. W czterech konkursach indywidualnych dwukrotnie stawał na podium, za każdym razem na drugim stopniu. Ponownie jednak dobre wyniki w lecie nie przełożyły się na wysoką formę Mario w zimie. Sezon 2006/2007 ukończył na dwunastej pozycji, ani razu nie stając na podium. Stecher startował w kratkę, miejsca w pierwszej dziesiątce przeplatał ze startami, w których plasował się w drugiej lub nawet trzeciej dziesiątce. Najlepsze wyniki osiągnął 4 lutego w Zakopanem i 18 marca 2007 roku w Oslo, gdzie był czwarty w sprincie. Mistrzostwa świata w Sapporo były kolejną impreza tego cyklu, na której nie zdobył medalu. Indywidualnie był dwunasty w sprincie, a w Gundersenie zajął 18. pozycję. W konkursie drużynowym Austriacy zajęli czwarte miejsce, przegrywając walkę o brązowy medal z Norwegami o zaledwie 0,4 punktu. Jeszcze słabiej Stecher zaprezentował się w sezonie 2007/2008, który ukończył na piętnastym miejscu.