Do powstania rozszczepu podniebienia dochodzi pomiędzy dziesiątym a dwunastym tygodniem ciąży w wyniku zaburzeń w kształtowaniu się podniebienia wtórnego. Wady te jednakże, pomimo odmiennego procesu ich powstania, często z sobą współtowarzyszą, choć oczywiście mogą występować niezależnie.
Powstanie rozszczepu wargi Podczas rozwoju płodowego we wczesnym okresie ciąży w wyniku łączenia się pierwotnie osobnych części twarzy rozwija się jej przyszła postać. Pomiędzy piątym a szóstym tygodniem ciąży zlewają się z sobą leżące przednio części lewego i prawego wyrostka nosowego budując w ten sposób środkowy segment przyszłej kości szczękowej. Z tego powstaje następnie podnosowa części twarzy zwana rynienką podnosową (łac. Philtrum) oraz środkowa część szczęki z czterema siekaczami. Podczas dalszego rozwoju zrastają prawy i lewy wyrostek szczękowy z już wytworzonym wyrostkiem nosowym. Z wyrostków szczękowych powstają lewa i prawa część wargi górnej po obu stronach rynienki podnosowej oraz prawa i lewa część kości szczękowej po obu stronach zawierająca później siekacze. Proces ten zwany jest formowaniem podniebienia pierwotnego.