Zaburzenia tego procesu na różnych jego etapach objawiają się właśnie rozszczepem. Niepołączenie się odpowiednich wyrostków po określonej stronie daje w efekcie rozszczep wyrostka zębodołowego szczęki – w przypadku niepołączenia się przyszłych elementów kostnych lub w przypadku niepołączenia się części miękkich mamy do czynienia z rozszczepem wargi. Może oczywiście dochodzić do niepołączenia się zarówno składowych przyszłej kości szczękowej oraz tkanek powierzchownych wywołując w ten sposób rozszczep wargi i wyrostka zębodołowego szczęki.
Powstanie rozszczepu podniebienia W okresie późniejszym, pomiędzy 10. a 12. tygodniem ciąży, gdy płód osiąga długość ok. 75mm, dochodzi do zlewania się części przyszłego podniebienia w wyniku łączenia się lewego i prawego wyrostka podniebiennego szczęki, oraz prawej i lewej blaszki poziomej kości podniebiennej (tzw. płyt podniebiennych). To z nich powstaje podniebienie twarde oraz podniebienie miękkie wraz z języczkiem. Płyty podniebienne łączą się z leżącym do przodu już ukształtowanym środkowym segmentem szczęki (powstałym w wyniku łączenia się wyrostków nosowych). Przetrwałym śladem tego procesu jest występowanie tzw. otworu przysiecznego (łac. foramen incisivum). Z części tylnych natomiast formuje się podniebienie miękkie (łac. palatum molle), oraz języczek (łac.