W latach 1926–1928 pracowała ponownie w Instytucie profesora Corrensa w Berlinie-Dahlem, także pod kierunkiem Richarda Goldschmidta, szukając równocześnie odpowiedniego zatrudnienia w kraju. Na zaproszenie doktora Hitoshiego Kihary (1893–1986) podjęła pracę w Japonii. Od kwietnia 1929 roku pracowała jako wykładowca genetyki w Instytucie Genetyki Cesarskiego Uniwersytetu w Kyoto. Ponieważ jako cudzoziemka nie mogła liczyć na awans na uczelni, przyjęła propozycję objęcia stanowiska profesora w chińskim Uniwersytecie Sun Jat-sena w Kantonie. Opuściła Kyoto 25 września 1936 roku i w drodze do Chin udała się na wyspę Saint Thomas, gdzie mieszkał jej brat. Wybuch drugiej wojny chińsko-japońskiej uniemożliwił jej zarówno powrót do Japonii, jak i kontynuację podróży. Przez kilka lat przebywała u brata i u rodziny w Bostonie. W tym czasie uzyskała obywatelstwo USA. thumb|Podpis Flory Lilienfeld złożony 13 lipca 1942 r. na dokumencie imigracyjnym USA W latach czterdziestych profesor Władysław Szafer zapraszał ją do powrotu do kraju i objęcia funkcji dyrektora Ogrodu Botanicznego we Wrocławiu, na co jednak się nie zdecydowała. Dopiero w 1950 roku na prośbę prof. Kihary powróciła do pracy naukowej w Japonii.