Do wnętrza kościoła prowadzą 4 wejścia: główne w fasadzie, boczne w południowej ścianie i 2 łączące opactwo z kryptą i prezbiterium.

Część dla wiernych jest podzielona na 3 nawy kolumnami zakończonymi ostrymi łukami inspirowanymi sztuką arabską. W prawej nawie znajduje się marmurowa tablica pamiątkowa poświęcona Matyldzie z Canossy. Na dwóch kolumnach u szczytu nawy głównej znajdują się kapitele z grawerunkiem, z okresu obecności kanoników regularnych laterańskich. W posadzce nawy głównej znajduje się płyta nagrobna z XVII-wiecznym grawerunkiem. Nagrobek zamyka dostęp do cmentarza kanoników, znajdującego się pod posadzką kościoła.

Z nawy głównej barokowe schody prowadzą do prezbiterium, znajdującego się nad kryptą i oświetlonego monoforami zamkniętymi alabastrowymi płytami. W centrum prezbiterium zwieńczonego trzema apsydami znajduje się wsparty na pięciu kolumnach ołtarz z czerwonego marmuru z Werony. Po prawej stronie znajdują się XVIII-wieczne organy, a w ścianie po lewej tablica upamiętniająca oblężenie przez wojska Karola V.