Katarzyna Filipkowa i Maria Barglikowa znalazły się w jednej celi z Heleną Migiel, dwudziestoletnią dziewczyną z Białego Dunajca, także podejrzaną o udzielanie Żydom pomocy.
Na wszystkie kobiety w początku 1944 roku zapadł wyrok śmierci. Według informacji z IPN z 1990 roku Sąd Doraźny w Zakopanem 21 lutego 1944 roku skazał kobiety na śmierć i zdecydował o ich rozstrzelaniu 6 marca pod Nowym Targiem.
Miejsce pochówku rozstrzelanej Katarzyny przez lata było nieznane. W latach 80. okazało się, że wszystkie rozstrzelane kobiety pochowano we wspólnej mogile między Nowym Targiem a Ludźmierzem. Rodzina Filipków po raz pierwszy po ponad czterdziestu latach mogła oddać hołd bohaterskiej matce, która uratowała Żydów i własną rodzinę.
Upamiętnienie 13 października 1988 roku Instytut Jad Waszem nadał pośmiertnie Katarzynie tytuł Sprawiedliwej wśród Narodów Świata.
10 marca 2024 r. w Tokarni z okazji 80 rocznicy śmierci Katarzyny Filipek w parku dworskim przy kościele Matki Bożej Śnieżnej w Tokarni zostało odsłonięte jej popiersie.