Obecnie William Neil Eschmeyer w Catalog of Fishes zalicza słonecznicę uszatą do rodziny bassowatych (Centrarchidae) i podrodziny , wedle obecnej nomenklatury zoologicznej przyjmuje się jako nazwę gatunkową Lepomis megalotis.
Nazwa rodzajowa Lepomis pochodzi z języka greckiego i jest zbitką wyrazową słów lepis () = łuska i poma () = skrzela, pokrywa skrzelowa. Natomiast epitet gatunkowy megalotis oznacza w dosłownym tłumaczeniu „duże ucho”, odnosi się to do długich pokryw skrzelowych.
Wyniki analiz filogenomicznych ddRAD nie potwierdzają dotychczasowej klasyfikacji z podziałem na dwa gatunki, Lepomis megalotis i Lepomis peltastes w kompleksie L. megalotis. Stwierdzono zachodzenie hybrydyzacji i introgresji pomiędzy L. megalotis a innymi gatunkami z rodzaju Lepomis. Analiza cech morfologicznych uznawanych za dostatecznie istotne, by wyróżnić taksony w randze gatunków, pozwoliła zidentyfikować 6 taksonów tej rangi w kompleksie L. megalotis.
Dawniej był uznawany za podgatunek pod nazwą L. m. peltastes, jednak Page & Burr w 2011 roku potwierdzili jego odrębność w randze gatunku.