Gatunek przypomina ryjówkę średnią. Cechy ryjówki szinto z Honsiu płynnie przechodziły w cechy ryjówki średniej z Kraju Nadmorskiego i Korei (wielkość głowy) oraz z Sachalinu i Hokkaido (wymiary zewnętrzne). Jednak gatunki te można zróżnicować choćby po powierzchni czwartego górnego przedtrzonowca. Problemy z rozróżnieniem dotyczą tylko podgatunku S. s. sadonis.
Systematyka Ryjówka szinto opisana została przez Thomasa w 1905. Jako miejsce typowe badacz wskazał wioskę Makado (ob. część miasteczka Noheji) w prefekturze Aomori na północnym Hondo (dawna nazwa Honsiu) w Japonii. Ryjówkę szinto uznawano nie za osobny gatunek, ale za podgatunek ryjówki średniej, popularnego w Azji gatunku o rozległym zasięgu występowania i licznych podgatunkach. Obecnie jednak gatunki te traktuje się jako odrębne, choć blisko ze sobą spokrewnione, czego dowiedziono badaniami genetycznymi. Różnica pomiędzy nimi nie jest do końca ewidentna wedle niektórych autorów, inni na podstawie badań genetycznych widzą w nich odrębne, choć bliskie sobie gatunki, i wskazują, że tworzą one razem grupę o wspólnym pochodzeniu, zwaną grupą gatunków caecutiens/shinto. Trzecim, blisko z tymi dwoma spokrewnionym gatunkiem, jest ryjówka chińska. Wraz z Sorex isodon oraz ryjówką pazurzastą tworzą one grupę ryjówki średniej, caecutiens group.