Wraz z kilkoma innymi grupami gatunków oraz gatunkami nieobjętymi żadną grupą zalicza się ona do podrodzaju Sorex Sorex, jednego z dwóch podrodzajów w rodzaju Sorex, zwanym po polsku ryjówką. Jest to jedyny rodzaj umieszczany w plemieniu Soricini, czyli ryjówki. Plemię to wraz z plemionami Blarinini, Blarinellini, Anourosoricini, Notiosoricini i Nectogalini należy z kolei do podrodziny Soricinae, jednej z trzech podrodzin rodziny ryjówkowatych Soricidae, obejmującej także podrodziny Crocidurinae i Myosoricinae.
Kladogram wedle Naitoh i innych z 2005:
Obecnie wyróżnia się 3 podgatunki ryjówki szinto: Sorex shinto shinto Thomas, 1905; Sorex shinto sadonis Yoshiyuki & Imaizumi, 1986; Sorex shinto shikokensis Abe, 1967.
Wedle niektórych autorów S. shinto sadonis jest genetycznie nieodróżnialny od podgatunku nominatywnego, być może powstały niedawno, inni wskazują na jego odrębność genetyczną od populacji zamieszkującej Honsiu i Shikoku. Ponadto nieliczne zbadane osobniki nie pasują do żadnej z tych grup, te właśnie tworzą podgatunek S. shinto shikokensis.
Opisywano niegdyś Sorex shinto chouei, ale wydaje się on być synonimem Sorex shinto shinto.